综合围产母子医疗中心是日本厚生劳动省针对低生育率在全国各地推行的战略项目。其目的是提高围产期保健，为孕育新生儿创造更好的环境。1998年12月1日，福冈大学医院被政府指定为综合围产母子医疗中心，为改善福冈地区的围产保健设施起到了重要的作用。本中心共有3个科室:产科、新生儿内科和新生儿外科。3个科室与其他诊疗科室协同合作，对患者实行积极有效的治疗。另外，本中心负责召开福冈地区围产期保健研讨会，并对其他围产机构进行统计分析。

本科室提供一流的手术和护理。作为日本西部最大的综合母子围产医疗中心，母婴ICU共有病床6张、产科备用床18张、新生儿ICU病床15张和新生儿部门备用病床18张。产科治疗各种产妇疾病和胎儿疾病，如早产、妊娠期高血压、妊娠期糖尿病以及胎儿发育不全。本科室为确保患者安全，协同麻醉科，在分娩室实行剖腹产急救手术。新生儿部门除了管理超低体重儿的发育和新生儿内科，还要和小儿外科、神经科、眼科和心脏外科合作进行外科手术。

为更有效的利用福冈地区的围产设施，本科室对本地区的空床数实行1周2次的统计，并把其结果发给新生儿部门和其他医疗机构。另外，本科室还肩负管理福冈围产医疗数据库的责任。